A Téka mindhárom régi könyves gyűjteményében találunk kéziratos könyveket is a nyomtatványok mellett. Tartalmilag igen változatos képet mutatnak: orvosi szakkönyv, szakácskönyv, vallásos irodalom, filozófiai eszmefuttatások, tankönyvek, naplók alkotják a gyűjteményt, főként latin és magyar nyelven.
Van közöttük olyan, amelyet egy, már nyomtatásban megjelent könyvről másoltak, olyan is, amelyet 400 évvel később adtak ki, sokuk pedig egyáltalán nem jelent meg nyomtatásban.
A könyvtár hat középkori kódexet őriz, ezek közül a legismertebb a Koncz-kódex, melynek lapszéli bejegyzése a hatodik magyar nyelvemlék, a Marosvásárhelyi sorok és glosszák.
Egyik legértékesebb kéziratunk az Ars medica, az első magyar nyelvű orvosi szakkönyv, amelyet valószínűleg a nagyváradi Lencsés György (1530-1593) állított össze. A Téka gyűjteményében egy korabeli, 16. századi, valamint egy 18. századi másolata is fennmaradt. (Az Ars medica nyomtatásban 1943-ban jelent meg.)
A kézirattár további értékes darabjai: Marosvásárhely bírájának, a gótikus templomot körülölelő vár építését kezdeményező Borsos Tamásnak (1566-1634) naplója (kötetben 1972-ben adták ki); Nagy Szabó Ferenc marosvásárhelyi városbíró krónikája, ifjabb Teleki Mihály generális, Cserei Mihály krónikaíró feljegyzései, Bod Péter munkáinak több kötete (eredetiben és másolatban). Az egykori székelykeresztúri unitárius gimnáziumból származik több szombatos kézirat: ezek legszebbike Péchi Simon kancellár (1570-1643) zsoltárfordítása 1629-ből, részben saját keze írása, részben egykorú másolat.
A több száz kötetes kézirat mellett kiemelkedő értéket képvisel a két Bolyai tudománytörténeti jelentőségű hagyatéka, közel 20.000 oldalnyi kézirat. Levéltári iratanyagot is őriz az intézmény: itt található Teleki Sámuel levelezésének, gazdasági és hivatali iratainak egy része, a könyvtáralapítással és -gyarapítással kapcsolatos csaknem teljes dokumentáció, valamint a marosvásárhelyi református kollégium könyvtári nyilvántartásai. (A hajdanán itt őrzött Teleki nemzetségi levéltárat 1916-ban Budapestre menekítették, azóta a Magyar Országos Levéltárban tanulmányozható. Valamikori irat- és levéltári anyagunk másik jelentős része 1974-től a Maros Megyei Levéltárba került.)
